O 2º ciclo em Arqueologia apresenta uma estrutura curricular de vocação interdisciplinar a partir de um eixo de competências dentro do campo de saberes da Arqueologia. Reconhece-se como uma formação especializada, que permite aos seus formandos o reconhecimento do diálogo permanente entre a ocupação humana e a interacção com o ambiente que a rodeia. Para tal assumiu a leccionação de um leque de conteúdos vasto,  permitindo sensibilizar os discentes para a incorporação dos processos técnicos e interpretativos que descodifiquem a interacção entre os agentes e o meio ambiente.
O 2º ciclo em Arqueologia apresenta uma estrutura de dois semestres lectivos a que se seguem dois de elaboração da dissertação de mestrado, ou de realização de um relatório de estágio profissionalizante. Para atingir os objectivos propostos, os discentes incorporam um conjunto de competências baseados na leccionação de uma matriz estruturante de Arqueologia, com formação teórica em sala de aula e prática em Laboratório e aulas de campo. A estrutura curricular convoca docentes de várias áreas relacionadas com a leitura física e social do ambiente e da paisagem, conferindo a este ciclo de estudos uma marcada originalidade no panorama nacional.