2023
Laboratórios de Bioinformática
Nome: Laboratórios de Bioinformática
Cód.: QUI13551M
3 ECTS
Duração: 15 semanas/78 horas
Área Científica:
Bioquímica
Língua(s) de lecionação: Português
Língua(s) de apoio tutorial: Português, Inglês
Regime de Frequência: Presencial
Objetivos de Desenvolvimento Sustentável
Objetivos de Aprendizagem
1.Conhecer, compreender e dar valor aos conceitos de genómica estrutural e funcional; às tecnologias da informação para organizar, analisar e distribuir informação Bioquímica;
2.Capacitar para utilizar a tecnologia da informação na organização, análise e distribuição de informação bioquímica, tendo em vista responder a problemas complexos da vida;
3.Delinear e executar em equipa a exploração dos recursos bioinformáticos para conhecer sequências de nucleótidos e de aminoácidos, domínios e estrutura de proteínas;
4.Avaliação critica dos resultados obtidos pela análise automática e em larga escala de informação bioquímica.
2.Capacitar para utilizar a tecnologia da informação na organização, análise e distribuição de informação bioquímica, tendo em vista responder a problemas complexos da vida;
3.Delinear e executar em equipa a exploração dos recursos bioinformáticos para conhecer sequências de nucleótidos e de aminoácidos, domínios e estrutura de proteínas;
4.Avaliação critica dos resultados obtidos pela análise automática e em larga escala de informação bioquímica.
Conteúdos Programáticos
1.Perspectiva histórica da Bioinformática.
2.Bases de dados e SRS.
3. Algoritmos para alinhamento de sequências.
4.Pesquisa de sequências. Motivos, perfis e domínios.
5.Servidores e ferramentas para análise de genomas.
6. Identificação de genes e de sequências reguladoras.
7.Análise de biochips.
8. Análise filogenética.
9.Genoma e cancro, do genótipo ao fenótipo.
10.Estrutura tridimensional das proteínas. Alinhamentos mono e tridimensionais.
11.Bases de dados estruturais. O Protein Data Bank. O formato de ficheiro tipo .pdb.
12.Modelling de proteínas por homologia. Modelling por homologia baseado na Web.
2.Bases de dados e SRS.
3. Algoritmos para alinhamento de sequências.
4.Pesquisa de sequências. Motivos, perfis e domínios.
5.Servidores e ferramentas para análise de genomas.
6. Identificação de genes e de sequências reguladoras.
7.Análise de biochips.
8. Análise filogenética.
9.Genoma e cancro, do genótipo ao fenótipo.
10.Estrutura tridimensional das proteínas. Alinhamentos mono e tridimensionais.
11.Bases de dados estruturais. O Protein Data Bank. O formato de ficheiro tipo .pdb.
12.Modelling de proteínas por homologia. Modelling por homologia baseado na Web.
Métodos de Ensino
As aulas decorrerão em laboratórios de informática envolvendo a utilização de i) bases de dados; ii) software para análise de sequências de nucleótidos e de aminoácidos, tendo em vista obter informação bioquímica que contribuirá para i) elaborar em equipa relatórios de protocolos práticos parciais e de dificuldade progressiva, bem como para ii) elaborar projeto escrito individual que equacione e resolva um problema bioquímico de natureza abrangente.
Modalidade de avaliação: contínua, por escalas.
Ponderação na classificação final:
i) Sucesso na resolução dos exercícios propostos nos protocolos cedidos pelo docente (30%);
ii) Apresentação e discussão oral dos resultados (20%);
iii) Projeto escrito (25%);
iv) Apresentação/discussão oral do projecto (25%).
Modalidade de avaliação: contínua, por escalas.
Ponderação na classificação final:
i) Sucesso na resolução dos exercícios propostos nos protocolos cedidos pelo docente (30%);
ii) Apresentação e discussão oral dos resultados (20%);
iii) Projeto escrito (25%);
iv) Apresentação/discussão oral do projecto (25%).
Bibliografia
Choudhuri, S. (2018) Bioinformatics for Beginners: Genes, Genomes, Molecular Evolution, Databases and Analytical Tools, Elsevier, New York.
Baxevanis, A.D. & Ouellete, B.F.F. (2005) A practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 3rd edition, Cold Spring Harbor, New York.
Mount, D.W. (2004) Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, 2nd edition, Cold Spring Harbor, New York.
Tamar, S. (2002) Molecular Modeling and Simulation, Spring-Verlag, New York.
Baxevanis, A.D. & Ouellete, B.F.F. (2005) A practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 3rd edition, Cold Spring Harbor, New York.
Mount, D.W. (2004) Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis, 2nd edition, Cold Spring Harbor, New York.
Tamar, S. (2002) Molecular Modeling and Simulation, Spring-Verlag, New York.
Equipa Docente
