Bioinformática

Cód.: BIO12359L

6 ECTS

Duração: 15 semanas/156 horas

Área Científica: Ciências Biológicas

Língua(s) de lecionação: Português

Língua(s) de apoio tutorial: Português, Inglês

Regime de Frequência: Presencial

Apresentação

A UC de Bioinformática aborda as principais bases de dados de sequências de DNA e proteínas e explora diversas ferramentas para analisar essa informação molecular. São utilizados diferentes tipos de análises bioinformáticas, desde a filogenia molecular à análise de dados de
sequenciação de genomas.

Objetivos de Desenvolvimento Sustentável

Educação de qualidade - Assegurar a educação inclusiva, e equitativa e de qualidade, e promover oportunidades de aprendizagem ao longo da vida para todos.

Objetivos de Aprendizagem

Pretende-se que os alunos reconheçam as aplicações da bioinformática na biologia molecular, nomeadamente na compreensão dos diversos fenómenos celulares, quer em procariotas quer em eucariotas. Pretende-se que os alunos analisem sequências de DNA quer de genes codificantes de proteínas quer de RNAs. Desenvolvam a capacidade de efectuar pesquisa de bases de dados de sequências. Deverão identificar ORFs-genes codificantes de proteínas- em procariotas e eucariotas. Deverão analisar dados resultantes de projectos de análise de genomas e transcriptomas. Desenvolver a capacidade de utilizar a plataforma de ensino on-line da Universidade de Évora (Moodle).

Conteúdos Programáticos

1 Bases de dados de sequências
Edição e depósito de sequências
Pesquisa de bases de dados
2 Análise de sequências de DNA e RNA
Códigos genéticos e frequência de codões.
Identificação de ORFs, promotores, terminadores
Análise de estrutura secundária de RNAs
3 Alinhamento de sequências
Programas Clustal e BLAST
Identificação de domínios funcionais
4 Análise de genomas
Anotação de sequências
Análise de Clusters of Orthologous Genes
Identificação de genes e operões
Identificação de intrões e regiões reguladoras
5 Análise filogenética molecular
Tipos e métodos de construção de árvores filogenéticas
6 Análise de dados de transcriptómica
Análise de dados de microarrays
7 Bioinformática de proteínas
Identificação de domínios funcionais
Predição de estrutura secundária
8 Introdução à linha de comando Linux
O sistema operativo, sistema de ficheiros e interface de linha de comando
Manipulação e processamento de ficheiros de texto
Ferramentas para processamento de dados Next Generation Sequencing

Métodos de Ensino

Esta UC inclui aulas teóricas e aulas teórico-práticas, lecionadas em salas equipadas com computadores.
Nas aulas teóricas serão abordados os princípios e fundamentos das ferramentas bioinformáticas a utilizar. Sempre que necessário, serão relembrados os conceitos chave de biologia molecular que permitem a compreensão das ferramentas bioinformáticas.
Nas aulas teórico-práticas os estudantes resolverão problemas/exercícios que implicam a utilização de ferramentas bioinformáticas disponíveis online ou de software de livre acesso, direcionado para a análise das sequências de DNA, RNA ou proteínas.
A plataforma Moodle será utilizada para facultar todo o material necessário para as aulas mas também durante a avaliação.

Avaliação

Avaliação Contínua: 3 testes escritos onde são avaliados os conteúdos das aulas teóricas (50%) e das aulas teórico-práticas (50%)
Avaliação Final: 2 exames escritos onde são avaliados os conteúdos das aulas teóricas (50%) e das aulas teórico-práticas (50%)

Bibliografia

- Mount, David (2004) Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis 2 nd Edition, Cold Spring Harbour Laboratory Press, 665 pp
- The NCBI Handbook (2002) Editors:Jo McEntyre and Jim Ostell, National Center for Biotechnology Information, Bethesda, US
-Artigos da revista Bioinformatics