2024
Simulação Bioquímica
Nome: Simulação Bioquímica
Cód.: QUI13553M
3 ECTS
Duração: 15 semanas/78 horas
Área Científica:
Bioquímica
Língua(s) de lecionação: Português
Língua(s) de apoio tutorial: Português
Objetivos de Desenvolvimento Sustentável
Objetivos de Aprendizagem
1.Conhecer, compreender e valorizar a técnica de simulação molecular da Dinâmica Molecular, bem como a sua capacidade de previsão de propriedades.
2.Capacitar para planear uma simulação molecular com seleção criteriosa dos parâmetros necessários à sua execução.
3.Capacitar para organizar, analisar e efetuar a validação dos modelos utilizados em simulações, extrair e calcular as propriedades pretendidas, estimar os erros que afetam os resultados de uma simulação.
2.Capacitar para planear uma simulação molecular com seleção criteriosa dos parâmetros necessários à sua execução.
3.Capacitar para organizar, analisar e efetuar a validação dos modelos utilizados em simulações, extrair e calcular as propriedades pretendidas, estimar os erros que afetam os resultados de uma simulação.
Conteúdos Programáticos
1.Introdução às simulações de dinâmica molecular
2.Aplicações a modelos de proteínas e de membranas celulares.
3.Análise de resultados de simulação.
4.Análise do equilíbrio das simulações.
5.Funções de distribuição radial.
6.Propriedades mecânicas.
7.Flutuações.
8.Funções de correlação.
9.Propriedades dinâmicas.
2.Aplicações a modelos de proteínas e de membranas celulares.
3.Análise de resultados de simulação.
4.Análise do equilíbrio das simulações.
5.Funções de distribuição radial.
6.Propriedades mecânicas.
7.Flutuações.
8.Funções de correlação.
9.Propriedades dinâmicas.
Métodos de Ensino
As aulas decorrerão em laboratórios de informática envolvendo a utilização de software de visualização molecular e acesso a um cluster computacional de cálculo científico e utilização de software de simulação molecular, onde serão realizados trabalhos/exercícios de preparação, realização e análise de resultados de simulações de dinâmica molecular de um sistema bioquímico.
Modalidades de avaliação:
- contínua: prestação prática (20% da classificação final), relatório sobre um trabalho de simulação (80% da classificação final).
- exame final: prova de avaliação (100%) que incide sobre toda a matéria lecionada
Modalidades de avaliação:
- contínua: prestação prática (20% da classificação final), relatório sobre um trabalho de simulação (80% da classificação final).
- exame final: prova de avaliação (100%) que incide sobre toda a matéria lecionada
Bibliografia
M.P. Allen, D.J. Tildesley, " Computer Simulation of Liquids: Second Edition ", Oxford University Press (2017).
P. Atkins, J. de Paula e J. Keeler, Atkins' Physical Chemistry, Eleventh Edition, Oxford University Press (2017).
D. Frenkel e B. Smit, "Understanding Molecular Simulation", Academic Press (2002).
A.R. Leach, "Molecular Modelling: Principles and Applications", Prentice Hall (2001).
P. Atkins, J. de Paula e J. Keeler, Atkins' Physical Chemistry, Eleventh Edition, Oxford University Press (2017).
D. Frenkel e B. Smit, "Understanding Molecular Simulation", Academic Press (2002).
A.R. Leach, "Molecular Modelling: Principles and Applications", Prentice Hall (2001).
Equipa Docente (2023/2024 )
